Первый экспонат был приобретен в 1897 году. Это была рубаха из олений шкур индейцев навахо. Его финансовый бизнес позволил закупать все новинки оптом, создав таким образом крупнейшую частную коллекцию индийских артефактов в мире, которую он публично назвал «Музей Хейи». Официально 1916 год считается годом основания Музея американских индейцев, а в 1922 году он был открыт для посетителей. До 1956 года Эй оставался его директором.
По решению Конгресса США в 1990 году коллекция Хейя стала национальным достоянием и была передана в управление Смитсоновскому обществу, а в 1994 году эта коллекция стала филиалом Национального музея американских индейцев. Сейчас он находится в здании бывшей Нью-Йоркской таможни в Нижнем Манхэттене, построенном в 1907 году по проекту Касса Гилберта — известного архитектора. Само здание является одним из значительных исторических и архитектурных памятников города. Он украшен колоннами, античными скульптурами, рельефными композициями, а в его интерьере преобладает отделка из белого мрамора. Потолки и часть интерьера украшены росписью.
Обширная коллекция музея, состоящая из более чем 800 тысяч экспонатов и архива из более чем 125 тысяч фотографий, расположена здесь на площади около 42 000 м2. В коллекции представлены артефакты, принадлежащие индейским племенам Латинской и Центральной Америки, а также Канады и Аляски. Особый интерес представляют произведения искусства, работы индийских мастеров, картины индийских художников, вышивка бисером, традиционные костюмы различных племен, ритуальные маски, гончарные изделия, оружие. Есть также коллекции скальпов. Среди экспонатов есть вещи, некогда принадлежавшие вождям Джеронимо и Сидящему Быку, среди которых есть и несколько скальпов.
Здесь часто проходят тематические этнографические выставки, посвященные народам обеих Америки, осуществляется обмен выставками с другими филиалами музея и этнографическими музеями других стран, поэтому его посещение всегда интересно и познавательно. В музее также можно посетить концерт традиционной индийской музыки, культурные мероприятия, посвященные жизни индейцев, а также посетить уютное кафе, где представлено большое разнообразие традиционных индийских блюд, приготовленных по рецептам различных индейских племен со всех регионов страны представлена страна. И, конечно же, здесь есть сувенирный магазин.