Семья Фарнезе существует с 13 века, но первое историческое упоминание о ней появилось, когда Алессандро Фарнезе надел папскую диадему. Он вошел в историю как Павел III. Вся семья Фарнезе теперь лечила по-другому, к тому же Папа Римский поставил своих родственников на очень важные посты. 14-летний внук Папы, Алессандро, который в то время уже был кардиналом, так же, как и его дед, увлекался искусством и живописью. Так как у молодого человека не было финансовых проблем, большую часть своих денег он тратил на картины и другие произведения искусства. Но все же самая значительная картина «Страшный суд» в Сикстинской капелле была приобретена Павлом III.
Затем Павел III заказал Микеланджело еще много картин, но его внук не хотел быть за ним. Так Джорджо Вазари по заказу Алессандро написал «Биографию». Молодой человек хотел везде добиться успеха, поэтому даже некоторые архитектурные проекты не обходились без участия Алессандро.
В 1543 году по приглашению Павла III Тициан прибыл в Болонью для создания портрета Папы. Картина всем понравилась, и через два года Тициан написал в Риме всю семью Фарнезе. С собой в Рим художник привез свою знаменитую картину «Даная», которую уже повзрослевший Алессандро заказал ему. Тициан долго находился в Риме, но так и не начал серию портретов семьи Фарнезе. Через некоторое время Тициан оказался в Пьяченце, где написал портрет сына Павла III — Луиджи Фарнезе. Коллекция портретов оказалась довольно внушительной.
В 1715 году по воле случая вся коллекция картин, собранная семьей Фарнезе, оказалась у Филиппа V, женившегося на Елизавете Фарнезе. Их сын Карл очень бережно относился к произведениям искусства и в 1737 году начал строительство дворца, специально для хранения коллекции. Этот дворец был назван Каподимонте (что в переводе с итальянского означает «на вершине горы»). Строительство дворца затянулось, растянулось более чем на 100 лет, поэтому картины были временно помещены в Королевский музей. Прошло время, и в 1860 году Неаполь перестал быть независимым государством, в связи с объединением Италии. Изменения коснулись и Королевского музея — теперь он стал называться Национальным музеем.
После окончания Второй мировой войны его закрыли на реконструкцию, а все экспонаты перенесли во дворец Каподимонте, который впоследствии стал называться Национальным музеем и галереей Каподимонте. Впервые двери этого музея были открыты для посетителей 5 мая 1957 года.
